由于MES制造执行系统相当复杂，要想导入成功，发挥最佳效益，除了系统本身功能齐全外，一套具体实用的导入方案也很重要。以机械所协助厂家导入经验为例，导入MES制造执行系统的步骤简述如下:
(1) 选择MES制造执行系统。
国外的一些MES制造执行系统经历了相当一段时间的市场经验，功能可以说是非常齐全。但是他们的系统价格昂贵，对于普通的中小型行业来说是一笔非常大的投资，而且由于功能繁多，很容易在以后的维护中造成困难。但是MES制造执行系统功能中不适用于这个特定行业的部分也必须进行定制和修改。
(2) 建立项目团队。
为了让MES制造执行系统开发团队充分了解定制化的功能需求，生产管理部门的同事也必须参与到行业内项目的全过程中，负责熟悉系统管理和运行模式，从而对生产线上的其他用户进行教育。另一个目的是在项目完成后，掌握部分系统维护的能力。
(3) 制定时间表。
项目组成立后，双方开始了紧张的讨论，首先，他们必须制定出时间表。如果项目的时间进度计划是十个月，大致分为:第一个月是系统标准模块的描述;第二个月讨论定制功能，定制功能开发周期为第三个月到第五个月，第六个月到第七个月进行系统的PilotRun，最后三个月进行正式上线。
(4) MES系统标准模块描述。
MES制造执行系统标准模块是整个系统的核心，需要对标准模块进行讲解，对行业内的项目团队进行教育培训，在项目团队的个人电脑上安装标准版试用程序，用操作手册练习各个系统的基本功能设置。
(5) 定制系统功能探讨。
经过相当程度的了解，比较分析系统功能与行业生产方式的差异，作为开发定制功能的依据。讨论的内容包括公司的转换模式、MES制造执行系统参数的设置模式、生产工艺规划、与ERP系统的集成模式。定制功能的规划一定要非常仔细，因为完成后修改设计不仅会影响进度，还会造成严重的错误。
(6) MES系统功能测试。
为了验证定制功能项的正确性，需要模拟一些生产条件并在MES制造执行系统中实现。从生产和批发物料的跟踪到入库和包装，包括切割操作后执行批拆分、更换生产单元、将次品退回仓库、检查次品记录、切换机器状态等消息。并测试与ERP系统集成的有效性。
(7) 用户教育和培训。
每个使用MES制造执行系统的员工都能正确使用和操作系统，这是MES制造执行系统成功上线的重要关键因素。因此，当定制功能开发完成后，项目团队需要对其他操作人员进行在线生产管理、质量控制、物料管理和制造方面的教育和培训，以达到企业管理计算机化的目标。
(8) 系统安装和试运行
然后安装MES制造执行系统，设置项目数据和各站权限。在线操作人员一方面在MES制造执行系统中记录生产数据，同时还需要保留旧的记录方式如工艺卡等形式。经过一段时间的试用，对实施现状和问题进行分析和修改。
(9) 系统正式上线。
经过PilotRun的测试验证，确认MES生产管理系统的正确性和稳定性满足要求，工厂相关系统用户能够熟练使用系统，然后系统就可以正式上线了。